Usage du financement du BQR sur la bio-synthétique à IBISC

Les récipendaires de ce BQR ont été Michel Malot (MC IBISC), Franck Delaplace (PR IBISC), Antoine Spicher (post-doctorant maintenant MC LACL - université de Paris 12) et Olivier Michel (MC IBISC, maintenant PR LACL université de Paris 12). Le BQR s'élevait à un montant total de 23.3k€ et à été dépensé suivant les 3 axes¹⁾ :

• équipement pour l'équipe parisienne iGEM'08
• équipement en ressources de calculs communes
• équipement en ressources de calculs individuelles

Depuis 3 ans maintenant, les récipendaires du BQR participent au projet au concours international biologie synthétique iGEM. Dans ce cadre, nous suivons le travail des étudiants de l'équipe parisienne. Cette année, leur projet à consisté en l'étude théorique et la réalisation biologique du projet BacteriO'Clock. Afin de permettre la caractérisation théorique du projet, nous avons financé l'équipe avec le matériel informatique suivant

1. une imprimante laser HP (montant 600€),
2. un ordinateur Apple iMAC (montant 2k€),
3. deux stations de calcul HP (montant 4k€,
4. un point d'accès WiFi et divers petits matériels (montant 600€).

Les travaux de l'équipe à donné lieu à une présentation formelle au MIT en Novembre 2008. Cette année, en 2009, une nouvelle équipe iGEM est formée et utilise ces ressources informatiques.

Afin de permettre le développement de l'activité de recherche sur le thème de la biologie synthétique au laboratoire IBISC, en particulier conduire des processus de modélisations et de simulation, nous avons décidé d'acheter des équipements informatiques puissants. Ceux-ci se composent de

1. une imprimante laser HP (montant 600€),
2. deux stations de calcul HP (montant 5k€),
3. deux écrans DELL de 24” (montant 1k€),
4. un serveur de fichier réseau (NAS) de haute performance (montant 1.5k€),
5. du matériel divers (montant 2k€).

Enfin, pour permettre la démonstration des outils développés, nous avons acquis des ordinateurs portables

1. un ordinateur portable DELL E6500 pour F. Delaplace (montant 2k€),
2. un ordinateur portable DELL E6500 pour O. Michel (montant 2k€),
3. un ordinateur portable DELL M6300 pour M. Malot (montant 2.5k€).

Ces ressources nous ont permis de participer et développer les projets suivants

• Amorcer un travail préliminaire de conception de la couche basse d'un compilateur fondée sur sur abstraction des réseaux biologiques. Un poster au GDR ALP a été présenté en 2009 à ce sujet (Delaplace, Giavitto, Michel, Spicher).
• rédaction d'un projet ANR DEFIS SYNBIOTIC²⁾ qui à été classé 13ième et se trouve actuellement en liste d'attente ; ce projet, au delà de la demande de financement, a permis de consolider les liens entre le laboratoire IBISC, le LACL (université de Paris 12), l'Institut des Systèmes Complexes Paris-Ile-de-France et l'INRIA Saclay ;
• Organiser et structurer une groupe de travail afin de fédérer les compétences sur l'ile de France sur la biologie synthétique, GREBS qui s'est réuni une fois par mois en 2008 et continue en 2009;
• d'organiser deux conférences
  1. en 2008, From Amorphous to Spatial Computing - Workshop, à Paris, avec des présentations invitées de G.J. Sussman et C. Teuscher,
  2. en 2008, SCW à SASO'08 à Venise (Italie),
  3. en 2009, SCW à SASO'09 à San Francisco (USA),
  4. en 2009, First International Workshop on Morphogenetic Engineering, à Paris, avec une présentation invitée de Marco Dorigo,
• d'effectuer des présentations lors des conférences
  • SCW à SASO'08, Amorphous'08, MEW'09 (A. Spicher),
  • Cargese Interdisciplinary Workshop on Activity Tracking (O. Michel),
• de participer aux éditions 2008 et 2009 de l'école thématique interdisciplinaire d'échanges et de formation en biologie de Berder (CNRS-INRA)
• organiser un numéro spécial de la revue ACM Transactions on Autonomous and Adaptive Systems sur le Spatial Computing (O. Michel)

Enfin, le BQR a permis la publication des articles suivants

1. Michel MALO, Amandine CARTIER-MICHAUD, Elisabeth FABRE-GUILLEVIN, Guillaume HUTZLER, Franck DELAPLACE, Georgia BARLOVATZ-MEIMON, and Annick LESNE When a collective outcome triggers a rare individual event: a mode of metastatic process in a cell population. Mathematical Population Studies , 2009 (to appear).
2. F. Delaplace, J.-L. Giavitto, O. Michel, A. Spicher Programmer des Fonctions Biologiques Synthétiques GDR ALP 2009
3. Antoine Spicher, Olivier Michel, and Jean-Louis Giavitto. Interaction-Based Simulations for Integrative Spatial Systems Biology. Chapter in Understanding the Dynamics of Biological Systems: Lessons Learned from Integrative Systems Biology. Springer Verlag, 2009.
4. Antoine Spicher, Nazim Fatès, and Olivier Simonin. From Reactive Multi-Agents Models to Cellular Automata - Illustration on a Diffusion-Limited Aggregation Model. Proceedings of the International Conference on Agents and Artificial Intelligence, 422-429, 2009. Extended version selected for publication in Best Papers of Agents and Articial Intelligence 2009 , Springer.
5. Olivier Michel, Antoine Spicher, and Jean-Louis Giavitto. Rule-Based Programming for Integrative Biological Modeling. Natural Computing, 2008.
6. Jean-Louis Giavitto, Olivier Michel, and Antoine Spicher. Spatial Organization of the Chemical Paradigm and the Specification of Autonomic Systems. Software-Intensive Systems, pages 235-254, 2008, LNCS 5380.
7. Antoine Spicher, Olivier Michel, Mikolaj Cieslak, Jean-Louis Giavitto, and Przemyslaw Prusinkiewicz. Stochastic P systems and the simulation of biochemical processes with dynamic compartments. BioSystems, 91(3):458-472, March 2008.