• The french wiki and its MIT equivalent.
• For those wishing to use MGS as a modelling language, you will find an example of modeling in MGS of the switch of the λ phage.
• A few words on the famous Hill function
• The poster and the slides of the presentation at the MIT

MGS has been used as a modelling language for the Paris team of the MIT iGEM's 2007 competition. The source code of the models can be run with the current version of the MGS interpreter.

The french project is targeted to the construction of a multicellular bacterial organism made of two co-existing cell types. Brainstorming resulted in proposing a system made of so-called soma cells, that produce a metabolite (DAP), and will not be able to divide, and of so-called germ cells that are able to grow, but only in presence of (sufficient quantities of) DAP, and are able to differentiate into soma cells. Informal reasoning indicate that this design should be correct, in the sense that it leads to an exponential growth of the two coexisting cell types. However, before actually constructing this system, the design has been assessed using several models at different levels mainly implemented in MGS.

Here is the dump of the Wiki.

We, that is

• H. Berry (Projet Alchemy - INRIA Saclay)
• S. Bottani (Lab. MSC - U. Paris 7 - Institut Pasteur)
• F. Delaplace (Lab. IBISC - U. Évry)
• F. Depaulis (Lab. d'Écologie - U. Paris 6)
• A. Lindner (Lab. Tamara - U. Paris 5)
• O. Michel (Lab. LACL - U. Paris 12)
• V. Schächter (Lab. CSB - Institut de Génomique - CEA)
• O. Tenaillon (Lab. Écologie et évolution des microorganismes - U. Paris 7)

have started a working group in Paris on Synthetic Biology. Since then, many have joined the group. We meet one wednesday every month in a different place

1. the first meeting was at the ENS (courtesy of O. Tenaillon)
2. the second meeting, May 14, was at the CRI (courtesy of A. Lindner)
3. the third meeting, June 18, was at university paris 7 (courtesy of S. Bottani)
4. the fourth meeting, July 9, was at university paris 12 (courtesy of S. Verlan)

Contact the mailing list or check the GREBS web site to know the date and location of the next issue. The summary of the Group's activity can be found here.

Abstract: Nous avons décidé néanmoins d'organiser des réunions mensuelles sur le thème de la Biologie Synthétique.

Ces réunions, libres et ouvertes à tous, ont pour objectif de promouvoir le partage d'expériences, de compétences et l'élaboration de projets dans cette thématique à la frontière de plusieurs disciplines (biologie, bien sur, mais aussi physique, informatique, mathématique, ingénierie…) Les séminaires auront lieu successivement dans les différents laboratoires intéressés par la thématique, avec une dominante de localisation sur Paris et sa région proche pour des raisons pratiques.
Nous envisageons un rythme de réunion mensuel, le mercredi matin, à 9h30, pour une durée d'environ 2 à 3 heures. L'objectif de ces réunions étant de permettre la mise en oeuvre et le développement de collaborations, chacun aura toute lattitude de prolonger la matinée à sa guise. Le programme de la réunion suivante sera déterminé collectivement à l'issue de la rencontre.

Abstract:

Several papers these last years were devoted at quantitative experimental description of the level of expression of a gene as a function of the concentrations of its regulators (see biography below). Theoretical models have also been developed in order to predict the behavior of the components and provide an understanding of the regulatory processes.
In this first meeting of the synthetic biology group I propose to concentrate on the paper by Kuhlman et al. "Combinatorial transcriptional control of the lactose operon of Escherichia coli", PNAS 2007, which on the case of the most classical model of gene regulation is an excellent example of the importance of quantitative and modeling approaches.

Abstract: L'objet sera la modélisation thermodynamique de l'activité de promoteurs génétiques. Il s'agit d'étudier les fondements de l'approche théorique utilisée dans l'article de Kuhlman et al. discuté lors de la dernière réunion.
Cette approche basée sur la mécanique statistique, est la méthode la plus détaillée actuellement pour construire à partir d'une description fine des mécanismes biologiques en jeu, des modèles mathématiques quantitatifs de la fonction d'activation d'un promoteur dépendant de la concentration de ses régulateurs.
Parmi les références les plus significatives, on se basera sur les deux publications du groupe de Hwa dans le même numéro de Curr Opin Genet Dev. 2005 :

1. Transcriptional regulation by the numbers : models. Bintu L, Buchler NE, Garcia HG, Gerland U, Hwa T, Kondev J, Phillips R.
2. Transcriptional regulation by the numbers : applications, Bintu L, Buchler NE, Garcia HG, Gerland U, Hwa T, Kondev J, Kuhlman T, Phillips R.

Abstract: Le calcul bio-moléculaire (DNA computing) se situe à la rencontre de la biologie, chimie et informatique. Il essaie d'utiliser les moyens bio-chimiques pour effectuer des calculs. L'ordre de grandeur des ingrédients et le parallélisme massif donnent l'espérance que certains problèmes difficiles, en particulier les problèmes NP-complets, pourront être résolus plus facilement. Dans la présentation on donnera un aperçu du domaine en présentant les modèles principaux et les expériences importantes.

All the informations are now available on the GREBS web site.

Two Wikis which are run by S. Bottani are well documented on the subject

• an open french site on information and debates,
• a closed french site on synthetic biology hosted at IBISC.

A lot of information on the subject is available on the Inernet

• courses at the MIT.