Publications

Mémoire de thèse

J'ai soutenu ma thèse le 1er décembre 2006.
Le mémoire est disponible ici

Chapitres de livre

	J.-L. Giavitto et A. Spicher. Morphogenèse informatique. Dans Morphogenèse, 2006, pages 178–198, sous la direction de P. Bourgine et A. Lesne, Belin. Cliquez ici pour un résumé.
	J.-L. Giavitto et A. Spicher. Simulation of self-assembly processes using abstract reduction systems. Dans Systems Self-Assembly: Multidisciplinary Snapshots, 2007, Édition N. Krasnogor, S. Gustafson, D. Pelta, J.L. Verdegay, Elsevier. Livre en phase finale de préparation. Cliquez ici pour plus de détails.

Articles publiés

Revues d'audience internationale avec comité de rédaction

	A. Spicher, O. Michel, M. Cieslak, J.-L. Giavitto et P. Prusinkiewicz. Stochastic P Systems and the simulation of biochemical processes with dynamic compartments. BioSystems, 2007. Accepté pour publication dans le numéro spécial BioSystems : Membrane Computing - Applications in Systems Biology.
	A. Spicher et O. Michel. Declarative modeling of a neurulation-like process. BioSystems, février 2007, volume 87, numéro 2–3, pages 281–288. Cliquez ici pour plus de détails.

Revues d'audience nationale avec comité de rédaction

A. Spicher et O. Michel. Représentation et manipulation de structures topologiques dans un langage fonctionnel. Technique et Science Informatiques. Accepté pour publication dans un numéro de TSI à paraître en 2007.

Communications effectuées

Manifestations d'audience internationale avec comité de sélection et actes

	A. Spicher, O. Michel et J.-L. Giavitto. A topological framework for the specification and the simulation of discrete dynamical systems. Sixth International conference on Cellular Automata for Research and Industry (ACRI'04), LNCS, volume 3305, pages 238–247, Amsterdam, octobre 2004, Springer.
	A. Spicher et O. Michel. Using rewriting techniques in the simulation of dynamical systems: Application to the modeling of sperm crawling. Fifth International Conference on Computational Science (ICCS'05), part I, LNCS, volume 3514, pages 820–827, Atlanta, GA, USA, mai 2005. Springer.
	A. Spicher et O. Michel. Declarative modeling of a neurulation-like process. Sixth International Workshop on Information Processing in Cells and Tissues (IPCAT'05), pages 304–314, St William's College, York, UK, août 2005. Version préliminaire sélectionnée pour publication dans BioSystems.
	J.-L. Giavitto, O. Michel, J. Cohen et A. Spicher. Computation in space and space in computation. Unconventional Programming Paradigms (UPP'04), LNCS, volume 3566, pages 137–152, Le Mont Saint-Michel, septembre 2005. Springer.
	A. Spicher, O. Michel et J.-L. Giavitto. Algorithmic self-assembly by accretion and by carving in MGS. Proc. of the 7th International Conference on Artificial Evolution (EA'05), LNCS, volume 3871, pages 189–200, Université de Lille, octobre 2005. Springer.

Manifestations d'audience nationale avec comité de sélection et actes

	A. Spicher et O. Michel. Manipulations de structures topologiques dans un langage déclaratif pour la simulation. 11èmes Journées du GT « Animation et Simulation » (GTAS'04), Reims, juin 2004. AFIG et LERI, Université de Reims.
	A. Spicher. Représentation et manipulation de structures topologiques dans un langage fonctionnel. Journées Francophones des Langages Applicatifs (JFLA'05), pages 113–128, INRIA, janvier 2005. Edition O. Michel.
	A. Spicher et O. Michel. Stratégie d'application stochastique de règles de réécriture dans le langage MGS. Journées Francophones des Langages Applicatifs (JFLA'06), pages 147–163, INRIA, janvier 2006. Edition T. Hardin.

Séminaires

Autres publications

Rapports de recherche

	A. Spicher, O. Michel et J.-L. Giavitto. A topological framework for the specification and the simulation of discrete dynamical systems. Rapport technique LaMI-99-2004, LaMI - Université d'Évry, mai 2004.
	J.-L. Giavitto, O. Michel, J. Cohen et A. Spicher. Computation in space and space in computation. Rapport technique LaMI-103-2004, LaMI - Université d'Évry, mai 2004.
	A. Spicher et O. Michel. Integration and pattern-matching of topological structures in a functional language. International Workshop on Implementation and Application of Functional Languages (IFL'04). pages 17–32, Lübeck, septembre 2004. Première version des actes publiés comme rapport technique 0408 de l'institut d'informatique de l'Université de Kiel.

Mémoires

	A. Spicher. Transformation de collections topologiques de dimension aritraire. Application à la modélisation des systèmes dynamiques. Mémoire de thèse de doctorat n°2006EVRY0028. Université d'Évry-Val d'Essonne, décembre 2006.
	A. Spicher. Typage et compilation de filtrage de chemins dans les collections topologiques. Memoire de DEA, Université d'Évry-Val d'Essonne, juillet 2003.

Autres documents scientifiques

A. Spicher, O. Michel et J.-L. Giavitto. Rewriting and Simulation Application to the Modeling of the Lambda Phage Switch. Génopole®, Volume « Modélisation de systèmes biologiques complexes dans le contexte de la génomique », avril 2006. Notes et tutoriaux sur différentes modélisations du switch génétique du phage lambda.

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